La vegetación de la isla se encuentra absolutamente modelada por la influencia del mar. Presenta un claro gradiente entre las zonas más próximas al mar y las situadas en cotas más elevadas y protegidas. Sólo algunas especies más resistentes a la salinidad, como el hinojo marino (Chrithnum maritimum) y la zanahoria marina (Daucus gingidium) colonizan los peñascos más próximos al agua; mientras que en las partes altas de las islas se extiende un matorral nitrohalófilo, donde el suelo es rico en nitratos procedentes de los excrementos de las aves marinas, dominado por la sosa fina (Suaeda vera) o el mastuerzo marino (Lobularia maritima columbretensis). . Los últimos restos de vegetación original se conservan en un pequeño rodal de la Ferrera, donde subsisten unos pocos ejemplares de palmito (Chamaerops humilis), lentisco (Pasticia lentiscus) y zarzaparrilla (Smilax aspera), especies que originalmente cubrían l'Illa Grossa. En las zonas donde hay un poco de suelo, las plantas aprovechan la intensa fertilización producida por las aves marinas, la abundante insolación y la ausencia de herbívoros, floreciendo espectacularmente cuando llegan las lluvias primaverales y otoñales. Durante el verano, que se prolonga durante 5 meses, toda la vegetación se agota, produciendo un fuerte cambio en el paisaje.

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