A pesar de su pequeño tamaño, Cabrera ha sufrido numerosos avatares con el transcurrir de los tiempos. Desde épocas remotas, muchos pueblos y civilizaciones han recalado en estas costas: fenicios, cartagineses, romanos y bizantinos buscaron aquí refugio, alimentos y agua.

En el siglo XIV se construye el castillo para proteger la isla de los ataques de los Piratas berberiscos, que se mantendrán a lo largo de los siglos siguientes, marcando la historia de las Islas Baleares.
Cuando los vigilantes oteaban un barco pirata, lo comunicaban con señales de fuego a las atalayas del sur de Mallorca, y de allí al resto de la isla. Cuentan las crónicas que una de las penas más duras, peor incluso que ir a galeras, era la de ser vigía en Cabrera.

A medida que aumenta el control naval sobre el Mediterráneo, van disminuyendo los asaltos de los piratas, lo que permite que se normalicen las actividades ganaderas y agrícolas.

En 1809, la batalla de Bailén supone la primera derrota de los ejércitos de Napoleón en la guerra de la Independencia. Los prisioneros franceses son trasladados a los pontones de Cádiz, barcazas que hacían la función de prisiones flotantes, y de allí a Mallorca, donde se ofreció Cabrera como alternativa, ante el temor de la población local de tener que albergar entre 6.000 y 9.000 prisioneros sin contar con las instalaciones adecuadas. El cautiverio se prolongó a lo largo de cinco años, hasta que se firma la paz en 1814. Sólo 3.600 hombres volvieron a Francia.

Durante el siglo XIX, se producen algunos cambios en Cabrera, que culminan a finales de siglo con un nuevo proyecto de repoblación que vuelve a fracasar. En 1890, Cabrera pasa a ser propiedad de la familia Feliu, que construye Can Feliu y Es Celler, impulsando el cultivo de la vid e intentando repoblar la isla. El proyecto se denominó Villacristina.

En 1916, Cabrera es expropiada por intereses de la defensa nacional, y se establece una pequeña guarnición de unos treinta hombres que no afectaba excesivamente a la naturaleza de la isla y que incluso mantenía cierto control sobre las actividades humanas. Esta situación cambia en 1973, cuando el Ministerio de Defensa inicia un programa anual de maniobras militares con fuego real: cada verano, en plena época de nidificación, una auténtica invasión militar ocupaba las islas y dispara toneladas de munición sobre los islotes que rodean Cabrera, causando la muerte directa de las aves o el abandono de los nidos.

Las presiones y protestas de los colectivos ecologistas dieron su fruto en 1986, año de las últimas maniobras. Poco después el Ministerio de Defensa encargó un informe al CSIC (Centro Superior de Investigaciones Científicas) para evaluar el impacto de los ejercicios militares en el archipiélago. A principios de 1988, el Parlamento Balear tomó la decisión de iniciar el proceso de declaración de Cabrera como Parque Nacional Marítimo Terrestre, que culminó en marzo de 1991.

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